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在水体污染修复方面，广州华科环保工程有限公司重点开发了受污染水体和城市黑臭水体的生物-生态联合修复技术。经过多年的开发实践，已形成了成套的城市污染河道生态修复技术、城市景观水体生态修复技术和城市水环境面源污染生态净化技术，相关的技术成果达到国际先进水平，先后获得省、部级科技奖数项。广州华科环保工程有限公司多年来承担的城市黑臭水体污染修复 治理和人工湿地生态治理工程项目共计有50多项，其中万吨级以上规模的水体修复项目10多项，积累了丰富的工程经验以及大量自主知识产权技术。
在土壤污染修复技术方面，针对不同污染土壤的特性，广州华科环保工程有限公司先后开发了新型的污染土壤调查与风险评估技术、有机物污染生物联合修复技术、污染土壤物理/化学联合修复技术和重金属污染土壤修复技术等，并逐步应用到工程中。
